en mi caso esta en /home/benjo/bin/...#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
/home/benjo/bin/eclipse-3.5/eclipse
estas lineas lo guardas en un archivo con el nombre 'eclipse' le das permisos de ejecucion ($ chmod +x eclipse) y le copiamos en /usr/local/bin ($ sudo cp eclipse /usr/local/bin) para poder invocarlo desde consola.